Zunächst war Fockendorf über mehrere Jahrhunderte ein reines Bauerndorf und da es von der Pleiße tangiert wird, nimmt es nicht wunder, dass dort auch frühzeitig eine Mühle errichtet wurde. Um 1445 wird sie erstmals urkundlich erwähnt und zwar verkauft Hans Wolf zu Wilchwitz einen Teil der Zinseinnahmen, die er von der Fockendorfer Mühle erhält, an den St. Georgenstift, der seinen Sitz auf dem Altenburger Schloss hatte. Demzufolge ist dieser Hans Wolf damals Eigentümer der Mühle gewesen, hat sie aber nicht selbst betrieben, sondern gegen einen jährlichen Zins verpachtet. 1458 verkauft Hans Wolf, jetzt zu Tegkwitz gesessen, die Fockendorfer Mühle an das Altenburger Bergerkloster (Löbe Bd. I, S. 517). 1528 bezog das Bergerkloster 66 Groschen jährliche Pacht-Zinsen von Caspar [Lange?] dem Müller. Nach der Aufhebung des Bergerklosters im Jahre 1543 fiel die Mühle zunächst in die Hände des Landesfürsten, wenige Jahre später wurde sie jedoch privatisiert.
Als erster privater Besitzer wird nach Angabe des Heimatforschers Kuno Apel aus Knau, Vintz Lange 1548 erwähnt und um 1557 schätzte Vintz Lange sein Besitztum auf „100 Schock [Groschen]“ (also 6000 Groschen) Wert, er hatte 3 Kühe, 2 Kalben, 10 Schweine, 4 Schafe und hielt einen Dienstboten. Wahrscheinlich war die Familie Lange bereits zuvor als Pächter auf dieser Mühle ansässig.
1572 starb der Müller Vintz Lange und sein jüngster Sohn Georg erwarb die Mühle im Erbkauf von seiner Mutter und den sieben Geschwistern.
1618 wird Thomas Lange, ein Sohn des vorigen, als Müller in Fockendorf erwähnt, ebenso 1633, aber 1634 erscheint dessen Sohn Hans Lange als Müller in Fockendorf. 1664 starb der Altmüller Thomas Lange im Alter von fast 88 Jahren, im Begräbnisregister der Trebener Kirche wird er besonders gewürdigt als ehrenhafter, gottesfürchtiger Mann, der als eine Zierde des gesamten Kirchspiels galt, er wurde in „volkreicher Versammlung“ zur Erde bestattet.
Der 1645 geborene Sohn von Hans Lange trug den gleichen Namen wie sein Großvater, Thomas Lange, er übernahm 1674 die Mühle von seinem Vater und heiratete 1675 eine Maria Köhler aus Kriebitzsch, Tochter des dortigen Richters und Landwirts Andreas Köhler. 1676 wird deren Tochter Anna geboren, die jedoch 1682 verstarb. 1678 wird die Tochter Christina, 1681 die Tochter Maria und 1683 eine weitere Tochter geboren, die wiederum den Namen Anna erhält.1686 wird ein Sohn Johannes und 1688 eine Tochter Sibylla geboren. Die Ehe der Müllerfamilie ist jedoch zerrüttet, die Müllerin hat ein intimes Verhältnis mit dem Mühlknecht Martin Müller aus Langenleuba. Am 2. Juli 1689 wird der Müller Thomas Lange von seiner Ehefrau und deren Geliebten im Schlaf erdrosselt. Obwohl das Mörderpaar versucht, den Tod des Müllers als Selbstmord darzustellen, wird die Tat aufgeklärt. Beide werden zum Tode verurteilt und am 17. August 1689 der Mühlbursche Martin Müller auf dem Primmelwitzer Anger gerädert und Maria Lange in der Pleiße bei Fockendorf ertränkt. Auf dem Schanzenberg bei Altenburg an der Leipziger Straße hat man dann den Leichnam des Mühlburschen auf ein dort aufgestelltes Rad gebunden und den der Müllerin darunter begraben.
Die zurückgebliebenen Kinder, nun Waisen, waren allesamt noch unmündig, das jüngste noch nicht ein Jahr und das älteste 12 Jahre alt. Am 14. Juni 1690 schreibt der Altenburger Amtsverwalter George Keysser in einem Bericht folgendes:
„ . . . obzwar nach Thomas Langens des Müllers zu Fockendorff am 2. Jul. ao. 1689 erfolgten Tode, fleiß angewendet worden, die hinterlaßene Mühle und deren Zugehör auff seine Kinder zu erhalten, zumahlen, selbige in die 250 Jahr bey diesem Stamme gewesen; dieweil aber eines Theils die Baufälligkeit der Gebäude und das schwerhaltige Wehr, anders Theils die tringenden Schulden, und aller Kinder Unmündigkeit, vornehmlich da der Sohn erst im dritten Jahre, . . . [ist] mit des Großvaters und der Vormündern [der Kinder] gut befinden decretiret worden, daß sub publica hasta entweder ein tüchtiger Pachter, oder in deßen Ermangelung dergleichen Käuffer gesucht werden sollte. . .“.
Es fand sich kein Pächter, aber schließlich ein Käufer. Zunächst meldete sich Michael Schellenberg, Pachtmüller zu Löhmigen und bot nach Verhandlung mit dem Großvater der Kinder 2000 Gulden, wobei er 800 Gulden anzahlen und dann jeweils 40 Gulden jährlich abzahlen wollte. Daraufhin machte jedoch der Altenburger Rat und Amtmann Nicolas Zapf „ohne Benennung seines Nahmens, damit Niemand abgeschrecket werden möchte“ ein schriftliches Angebot, das nur wenig über dem von Schellenberg lag und erhielt den Zuschlag. Er entrichtete als Anzahlung gleichfalls 800 Gulden, bot dann aber in den nächsten beiden Jahren jeweils 100 Gulden als Abzahlung und in den weiteren Jahren, bis zur Begleichung der Kaufsumme von ebenfalls 2000 Gulden, je 50 Gulden. Dazu hatte er noch ein Fürsorgegeld von 50 Gulden geboten, die der Sohn des ermordeten Müllers mit Erreichung seiner Mündigkeit erhalten sollte. Dieses Geld musste er jedoch nicht einlösen, weil jener Sohn, Johannes Lange, im Alter von 13 Jahren, am 12. Juli 1700 in einer Mergelgrube bei Kriebitzsch ertrank.
Nikolaus Zapf begann noch 1690 mit umfangreichen Baumaßnahmen auf den erworbenen Grundstücken von insgesamt etwa 10 ha. Nach seiner Aussage war die Mühle, als er sie erwarb, nur noch eine Ruine, er riss sie ab und errichtete an dieser Stelle eine Papiermühle, außerdem wie er selbst schreibt, „gleich gegenüber eine ganz neue Mahlmühle von 2 Gängen auch eine daran gehengte noch nicht gar gangbahre Öhlmühle“. Darüber hinaus liquidierte er das alte Wehr an der Pleiße und setzte ein neues weiter oberhalb, dazu musste auch ein neuer Mühlgraben ausgehoben werden, wofür der erforderliche Grund und Boden hinzugekauft wurde. Weil dadurch etliche Ellen an Gefälle gewonnen wurden, baute Zapf am Mühlgraben oberhalb der Papiermühle einen Eisenhammer für Alteisen, also zur Schrottaufbereitung, mit dazu gehörigem Wohnhaus. Damit nicht genug, kaufte er noch ein Stück Feld, wo er einen stattlichen Steinbruch einrichtete, der die schönsten Sandsteine zum Mauern, Werksteine, Quadersteine und wohl sogar Bodensteine für Mühlen lieferte, wie er selbst berichtete.
Mit Kaufvertrag vom 7. Mai 1700 übernahm Herzog Friedrich II. von Sachsen-Gotha-Altenburg alle im Amt Altenburg gelegenen Immobilien, des inzwischen zum Grenzrat avancierten Nicolas Zapf. Dazu gehörte neben der Fockendorfer Mahlmühle auch die Fockendorfer und die Großstöbnitzer Papiermühle. Damit war die Fockendorfer Mühle herzogliches Staatseigentum, sie wurde von der herzoglichen Kammer in Altenburg verwaltet. Bereits im Jahre 1712 erfolgte jedoch die Rückübertragung an Zapf, offenbar war der Herzog mit dem finanziellen Ertrag nicht zufrieden.
Im ersten Grundbuch von Fockendorf, das etwa um 1725 bis 1730 angelegt wurde, wird Nicolas Zapf als Eigentümer der Mühle angegeben und es wird berichtet, dass die Mühle neben Wohn- und Mühlgebäuden zwei Mahlgänge besitzt, einen Garten, 10 ½ Acker Feld sowie 2 Acker und 1 Scheffel Wiese. „Lehnrührig“ ist die Mühle dem Rittergut Oberlödla, dem Rittergut Oberzetzscha, dem Deutschen Ordenshause und dem Rittergut Naundorf.
1726 verstarb Nicolas Zapf und seine Erben verkauften 1727 die Fockendorfer Mahlmühle an Johann Christoph Rothe.
Im Zeitraum zwischen dem Kauf durch Nicolas Zapf 1690 und dessen Tod waren mehrere Pächter auf der Mühle tätig. Einer davon war Hans Wagner, der ab 1705 als Pachtmüller in Fockendorf aktenkundig ist und 1708 im Trebener Kirchenregister letztmalig erwähnt wird. Er war kein Einheimischer und hatte deshalb große Schwierigkeiten mit den Bauern der umliegenden Ortschaften. Am 8. März 1706 schreibt er in einem Brief an den Kammerverwalter, dass die Bauern nicht bei ihm mahlen lassen wollen, sondern ihr Getreide lieber nach Benndorf bringen und die Fockendorfer Bauern ihm das Gras auf seinem Pachtland streitig machen und ihm sogar gedroht haben, sein Gesinde ins Wasser zu werfen, wenn sie dieses dort antreffen würden. Außerdem hatten die Fockendorfer Bauern sein Pachtholz bereits abgeschlagen und weggeschafft. In dem Brief wird ebenfalls erwähnt, dass die Fockendorfer Mühle damals zwei Mahlgänge besaß. Trinitatis 1707 betrugen die Pachtschulden Hans Wagners gegenüber der herzogl. Kammer bereits 215 Taler und 7 Goschen und er musste schließlich aufgeben.
Wie bereits oben angeführt kaufte Johann Christoph Rothe am 11. November 1727 die Fockendorfer Mühle für 2.700 Meißnische Gulden von Zapfs Erben. Zuvor hatten die Erben in einem Vergleich mit der herzoglichen Kammer erreicht, dass die Mühle den Status der „Kanzleischriftsässigkeit“ erhielt.
Am 26. Oktober 1759 kaufte Gottfried Beer die Mühle für 3.025 Gulden von Johann Christoph Rothe, der offenbar altersbedingt die Arbeit nicht mehr bewältigen konnte, er starb am 9. August 1770.
Am 25. Juli 1763 ertrank der dreijährige Sohn des Müllers Gottfried Beer, Johann Gottfried. Er war hinter dem Kindermädchen, beim Überqueren eines Stegs über den Mühlgraben, ins Wasser gefallen und mit durch das Mühlrad gegangen.
Gottfried Beer verkaufte am 19. Juni 1771 die Fockendorfer Mühle an Gottlob Dietzmann. Am 22. Februar 1778 starb dessen Ehefrau Johanna. Gottlob Dietzmann heiratete daraufhin am 23. November 1779 Christina Lösch, die einzige (noch lebende) Tochter von Georg Lösch, Besitzer eines Bauerngutes in Fockendorf, ganz in der Nähe der Mühle. Gottlob Dietzmann starb am 27. November 1790, seine Witwe führt zunächst die Mühle weiter und heiratet dann Christian FriedrichSchirmer, der 1795 die Mühle übernahm. Schirmer starb am 5. Januar 1813 und Christina verw. Schirmer, verw. gew. Dietzmann geb. Lösch verkaufte die Mühle 1816 an ihren Schwiegersohn Johann Karl Gottlob Schaller.
Am 4. Juli 1831 verkaufte Schaller die Mühle an Friedrich Wilhelm Dietze, Sohn des Saaraer Müllers. Bereits nach wenigen Jahren, am 30. Juli 1836 (laut Grund- und Hypothekenbuch) veräußerte Dietze die Mühle wieder und zwar für 11.535 Reichstaler an Johann Michael Kipping aus Primmelwitz. Dieser erneuerte 1867 die quer zum Mühlengebäude stehende Scheune, eine Tafel am Giebel der Scheune trägt die Inschrift: „Michael und Sophie Kipping 1867“. Der Sohn Bernhard Louis Kipping übernahm die Mühle (laut Kataster) am 21. September 1882. Er heiratet am 21. April 1885 im Alter von 31 Jahren Ida Alwine Fleck aus Serbitz, Tochter des Gutsbesitzers Johann Fleck, sie war zu diesem Zeitpunkt 23 Jahre alt. Schon zwei Jahre später,1887, starb Bernhard Louis Kipping. Seine Witwe heiratete am 3. Januar 1889 Friedrich Ernst Sparborth aus Langenleuba-Niederhain, Sohn des dortigen Mühlenbesitzers Gotthold Sparborth. Ernst Sparborth errichtete 1911 ein neues Wohnhaus, das alte Wohnhaus befand sich auf der entgegengesetzten Seite der Mühle. Am 7. Juni 1921 übernahm (laut Kataster) der Sohn Gerhard Martin Sparborth die Mühle. Sie ist heute noch im Besitz dieser Familie, allerdings nicht mehr in Betrieb, aber noch voll funktionsfähig.
